在(zài)陸地(dì)生態(tài)係統中，在土(tǔ)壤微(wēi)生物(wù)檢測土壤中生(shēng)活有(yǒu)數(shù)量龐(páng)大(dà)的(dí)微(wēi)生物(wù)種(zhǒng)群，包括原核微(wēi)生(shēng)物(wù)如細菌，藍(lán)細菌，放(fàng)綫(xiàn)菌及超(chāo)顯微結構微生物, 以及真核(hé)生(shēng)物(wù)如(rú)真菌(jūn)，藻(zǎo)類( 藍(lán)藻(zǎo)除(chú)外) ，地(dì)衣(yī)等
。它們與植物(wù)和(hé)動物有著明(míng)確的分工，主(zhǔ)要扮演(yǎn)“分(fēn)解者”的角色(sè)，幾乎參(cān)與土壤(rǎng)中(zhōng)一切(qiē)生(shēng)物和(hé)生(shēng)物化學反應
。由於(yú)土壤微生(shēng)物的復雜性，土(tǔ)壤本(běn)身(shēn)的多(duō)變(biàn)性和研究(jiū)方(fāng)法不*等原(yuán)因(yīn)的限(xiàn)製, 以(yǐ)往(wǎng)人們對土壤(rǎng)微生(shēng)物(wù)多(duō)樣性(xìng)的研究與動(dòng)，植(zhí)物相(xiāng)比遠遠落後(hòu)
。隨(suí)著多(duō)聚酶(méi)鏈(liàn)反(fǎn)應(PCR)，核酸測(cè)序(xù)等(děng)現(xiàn)代生物學分子生(shēng)物學(xué)技術(shù)的迅速發展(zhǎn),人們對土壤(rǎng)微生(shēng)物多(duō)樣性(xìng)有了更多的了(liǎo)解；高通(tōng)量測(cè)序(xù)技術的發(fā)展則(zé)為研究土壤(rǎng)宏基(jī)因(yīn)組(zǔ)提供了大量數據，為(wéi)直接探(tàn)究土(tǔ)壤(rǎng)中(zhōng)的(dí)微(wēi)生物群落(là)結構(gòu)提(tí)供(gōng)了客(kè)觀而(ér)全麵(miàn)的(dí)信息
。
1，土壤微生物檢(jiǎn)測微生物(wù)平(píng)板培養法
傳(chuán)統的土壤生態(tài)係(xì)統中微(wēi)生物群(qún)落(là)多樣(yàng)性(xìng)及結構(gòu)分析(xī)大(dà)多是(shì)將微生物進(jìn)行(háng)分離培養，然後通過一般(bān)的(dí)生物(wù)化(huà)學(xué)性(xìng)狀，或者特定(dìng)的(dí)表現型來(lái)分析，局(jú)限(xiàn)於(yú)從固體(tǐ)培養基上(shàng)分(fēn)離微(wēi)生(shēng)物
。這種(zhǒng)方法隻限(xiàn)於(yú)極少量（0.1%-1%）可(kě)以(yǐ)培養的(dí)微(wēi)生(shēng)物類群，無法對絕(jué)大多(duō)數(shù)微生物的(dí)分類地位和(hé)係統(tǒng)發育(yù)關係的(dí)深入(rù)研(yán)究(jiū)
。
2，分(fēn)子(zǐ)生(shēng)物(wù)學(xué)技術結(jié)合測序的方法(fǎ)
在過去的20多(duō)年(nián)裏(lǐ)，分子(zǐ)生(shēng)物學技術，尤其16SrDNA技術(shù)已(yǐ)經(jīng)廣(guǎng)泛應用(yòng)於鑒(jiàn)定未(wèi)知菌(jūn)的研究中(zhōng)
。20世紀80年代以(yǐ)來(lái), 逐步建(jiàn)立起了(liǎo)以(yǐ)分子(zǐ)係統(tǒng)發(fā)育(yù)分(fēn)析(xī)為(wéi)基礎的現代(dài)微生物(wù)分子生態學(xué)的研(yán)究(jiū)方法,使(shǐ)得(dé)研究者能夠(gòu)在分子(zǐ)水(shuǐ)平(píng)上對土壤(rǎng)微(wēi)生物(wù)多樣性(xìng)進行研(yán)究
。其中運用比較(jiào)廣泛(fàn)並(bìng)被普遍認可(kě)的(dí)是(shì)PCR-DGGE/TGGE法(fǎ)
。DGGE/TGGE 的局限(xiàn)性在於(yú)，檢(jiǎn)測的(dí)DNA片段(duàn)長度範(fàn)圍(wéi)以200bp ～900bp為佳(jiā)，超出此範(fàn)圍的(dí)片段難以(yǐ)檢測[4]，PCR 擴增所需(xū)G/C 鹼基對(duì)含量(liáng)至(zhì)少(shǎo)達40 % ，通(tōng)常(cháng)隻能檢(jiǎn)測到(dào)環(huán)境(jìng)中優勢菌(jūn)群(qún)的存在(zài)，隻有占整(zhěng)個群(qún)落(là)細菌(jūn)數量約(yuē)1％或以上的類(lèi)群(qún)能(néng)夠通過DGGE檢測到(dào)[5]
。TGGE 儀器(qì)所允許的溫(wēn)度範圍(wéi)為15 ℃～80 ℃，較大片段(duàn)DNA 的Tm 值(zhí)因為接近80 ℃而使檢測難(nán)度提高；若(ruò)電泳(yǒng)條件不(bù)適宜，不能(néng)*保證將有序(xù)列差(chà)異(yì)的DNA片段分(fēn)開(kāi)，從而出現(xiàn)序列不同(tóng)的DNA 遷移(yí)在同一位(wèi)置(zhì)的(dí)現(xiàn)象(xiàng)
。
3，高(gāo)通量測(cè)序方法
研究表(biǎo)明，400～600鹼基的(dí)序(xù)列(liè)，足以(yǐ)對環境中(zhōng)微(wēi)生物的多樣(yàng)性和(hé)種群分類(lèi)進行初步(bù)的估(gū)計[8]，因此(cǐ)454高通量測序(xù)的方法(fǎ)因(yīn)其讀長（400~500bp）長和(hé)準(zhǔn)確性高的特點(diǎn)大量(liáng)用(yòng)於(yú)微生物多樣(yàng)性的(dí)研究(jiū)
。有(yǒu)了(liǎo)微(wēi)生(shēng)物16S rDNA序列，不論是全(quán)長還(huán)是部分(fēn)，都可(kě)以提交到GenBank采(cǎi)用BLAST程(chéng)序與已知(zhī)序列(liè)進行相似(sì)性(xìng)分(fēn)析
。Gen Bank將(jiāng)按(àn)照(zhào)與測得(dé)序(xù)列(liè)的相似(sì)性(xìng)高低列(liè)出(chū)已知序列名單，相似性程度(dù)以及這(zhè)些序(xù)列相對(duì)應(yīng)的(dí)微生物(wù)種類，但(dàn)更為的(dí)微(wēi)生(shēng)物分類還取(qǔ)決於係統(tǒng)發育(yù)分析高通(tōng)量(liáng)測(cè)序的*性(xìng)體現(xiàn)在：測序(xù)序(xù)列(liè)長，可以覆(fù)蓋(gài)16S /18S rDNA，ITS等高變(biàn)區域； 測序(xù)通(tōng)量(liáng)高(gāo)，可以檢(jiǎn)測到(dào)環境(jìng)樣(yàng)品中(zhōng)的痕(hén)量微生物(wù)；實(shí)驗操作(zuò)簡(jiǎn)單，結果穩(wěn)定(dìng)，可重復性強；無(wú)需進(jìn)行復(fù)雜的文庫構建，微生(shēng)物DNA擴(kuò)增(zēng)產物(wù)可以(yǐ)直(zhí)接進行測序(xù)，實驗(yàn)周期(qī)短(duǎn)；測(cè)序(xù)數據(jù)便(biàn)於進行生(shēng)物(wù)信息分(fēn)析
。該(gāi)方(fāng)法得到(dào)*期刊(kān)的(dí)認可（Nature等），已(yǐ)成(chéng)為土(tǔ)壤微生(shēng)物多樣性檢測的重要手(shǒu)段
。上(shàng)海(hǎi)美吉生物公司已有若幹(gān)成(chéng)功案(àn)例(lì)，為(wéi)客戶提供(gōng)的(dí)土壤樣本進(jìn)行高通量(liáng)測序並(bìng)進行(háng)生物(wù)信(xìn)息學分析(xī)
。高通(tōng)量測序因其(qí)數(shù)據量大，操作過程簡單，盡可(kě)能(néng)避免了繁瑣的(dí)實(shí)驗操作過(guò)程所(suǒ)造成(chéng)的(dí)樣(yàng)本損(sǔn)失，能夠相(xiāng)對客觀(guān)的(dí)反(fǎn)應(yīng)出土(tǔ)壤樣本的真(zhēn)實(shí)情(qíng)況
。